שלוש הפעימות של 'עץ, בית, טקס' מתרחשות זו אחר זו, באותה סביבה ישראלית, מאמצע שנות ה-90 ועד כעשר שנים לאחר-מכן. הן חולקות דמויות משותפות אחדות (כולל דמות משנית ההופכת להיות מרכזית ושבה ונבלעת בשוליים האגביים), וגם שורת דימויים ומחוות; אך בעיקר הן נקראות זו מול זו, כי הן שלוש וריאציות, המאירות אחת את האחרת, על מצבים של אובדן, התרחקות ונתק.
סביב עץ נגוע ההולך ומתחרר, סביב מאבק על בית שננטש ועומד להימכר, ולנוכח טקס של יום-הזיכרון לחללי צה"ל המתגלגל אל סיום לא-צפוי, נחשפים ילדה שמעכלת את מות אמה; וזוג הורים שאינם יכולים יותר להיות יחד, לאחר שבנם נהרג בתאונה לקראת תום שירותו הצבאי בחברון; ואֵם לתינוקת החוֹוה את אובדנו של העולם שהיה שלה לפני הלידה, ואת הזרות שקמה עכשיו בינה לבין חבֶרתהּ הסימביוטית.
עולם ישראלי אופייני ונורמלי מאכלס את פני השטח של כל אחד מן החלקים. אבל מתחת לשגרה הכמו-טריוויאלית, שפרטיה מעוצבים באמינות רבה, ולמחוות החוזרות שלה, כבושים התהליכים האמיתיים הזורמים כל העת, שבהם גיבורי הספר מדברים אל עצמם.
במקביל לכל מה שקורה בחוץ סובבת התודעה במעגלי הזיכרון, ואפרת דנון מוליכה אותה אט-אט, בניקיון של יד אֲמוּנָה, אל נקודת ההעזה, שבה כל אחד מן הגיבורים מסוגל לספר לעצמו מה שלא היה מסוגל בתחילה.