אנדרו כהן, פרופסור ומומחה עולמי לתרבות השוואתית, גבר נאה, אלגנטי ומרשים הוא התגלמותה של ההוויה הניו יורקית העכשווית, המצליחה והמרוצה-מעצמה: הוא מתגורר בדירת פאר המשקיפה על נהר ההדסון, מפרסם מאמרים מבריקים במיטב כתבי העת ומנהל בקלילות מערכות יחסים סבוכות עם הנשים בחייו. אלא שלפתע פורצים לתודעתו חזיונות מיסטיים: חלומות והזיות חסרי פשר על המשכן ועבודת הכוהנים בבית המקדש בירושלים. אלה חושפים בקעים במסכת חייו המושלמת-לכאורה, והפרופסור הנינוח חווה קריסה שממדיה פסיכולוגיים ותיאולוגיים כאחד.
ובתוך כל זה נשזרת עלילת משנה בלשון חז"ל, המתארת את סדר עבודת הקורבנות והקטורת ביום הכיפורים. שורותיה הנפתלות משמשות מפתח פרשני למהומה שאליה נקלעים חייו השאננים של הפרופסור היהודי-ניו יורקי.
השפה העברית, על תיבות התהודה ההיסטוריות המגוונות שלה, היא גיבור נוסף ברומן. דווקא על רקע אי-ישראליותה המובהקת של העלילה המתרחשת כולה בניו-יורק, על רחובותיה, מסעדותיה ודמויותיה הססגוניות, הבחירה בעברית מסמנת כי תשוקתו האמיתית של הרומן מקורה במקום ובזמן אחרים, קדומים וקמאיים.
הבית אשר נחרב הוא רומן עברי וניו יורקי כאחד המציע אפשרות חדשה בספרות העברית. ראובן נמדר מנהל דיאלוג מורכב עם היצירה העברית שקדמה לו, אך בה בעת הוא גם סופר עברי גולה המתעקש לחרוג מגבולותיה הגיאוגרפיים והסמליים של הישראליות, כפי שהיתה מוכרת לנו עד כה.