אביגיל, תלמידת תיכון, לא חוזרת ארצה עם משלחת בית הספר שיצאה לפולין. היא נעלמת בלא להותיר אחריה עקבות. אחיה, רווק שבורח מאחריות, יוצא לחפש אחריה. לבדו באירופה, הוא מקבל על עצמו את תפקיד הבלש ויוצא למסע כאוטי של עונג והרס.
מנדל של חצוֹת הוא רומן בלשי אפל, רווי סקס, סמים והומור שחור, שמחטט בשורשים היהודיים בציניות ובקווים גרפיים גסים. סיפורי החורבן המשפחתיים מתעוררים לחיים דרך עיניו של תל אביבי הולל, נושק לשלושים, שכותב מערכונים לטלוויזיה ומפנטז על אורגיות ועל דרכון אירופאי.
בתל אביב, בברלין וברחבי פולין, החיפוש אחר האחות לוקח אותו אל הזונות והביבים של מזרח אירופה, אל מחנות המוות ואל הקברים המשפחתיים, אל זיכרונות הילדות אצל סבא וסבתא. במערבולת של רמזים והשערות, של אלכוהול, סרטים, טניס ופורנו, מוצא האח את עצמו מידרדר לשחיתות ולהתחזוּת, לפשע מאורגן ולמוזיקה קלסית, כשהחיטוט בעבר מעלה שאלות מטרידות גם על בני משפחתו הקרובים ביותר.
מנדל של חצות מפרק את זיכרון השואה לגורמים ומאלץ את הגיבור שלו לבחון מחדש את זהותו כיהודי נרדף במילניום השלישי. הוא חושף דור אופורטוניסט, מפונק ותלוש, שהיה רוצה לזכור, אבל מבקש בעיקר לשכוח. בתחבולה דוקומנטרית, הגיבור עטוף ברקע המשפחתי של המחבר, שהוא אותנטי לכאורה. כך, על התפר בין אמת ובדיה, אביגיל שנעדרת והשואה, מתלכדות לכדי תעלומה אחת.