איך אפשר שמאות כלי-שיט, ובהם יותר מאלפיים בני אדם, ייעלמו בים, כאילו לא היו מעולם? מדוע אין איש יודע לתת על כך תשובה? מדוע אין איש חוקר?
בלייר מאינרד, עורך שבועון-חדשות, נתקף בולמוס לחקור את התעלומה. בנקודה זו נפתח האי הנעלם של פיטר בנצ'לי (מחבר הכריש והתהום), הרב-אומן של המתח וההרפתקה.
בחברת בנו בן השתים-עשרה יוצא מאינרד בעקבות הידיעות המעטות והשמועות המסתוריות ומגיע לארכיפלג נידח בדרום-מזרח הבהאמה. שם, באזורי-המים שובי-הלב והמקסימים למראית-עין, נסחפים מאינרד ובנו לתוך דרמה מחרידה שכמוה לא נתחוללה עוד על פני הימים. שכן איים רחוקים אלה נוצרים בנופיהם הפראיים סוד מדהים. עם חשיפתו של הסוד, מוצאים עצמם מאינרד, ובנו בלבו של מאבק איתנים על חייהם.
כספריו הקודמים של פיטר בנצ'לי, מבוסס גם האי הנעלם על עובדות ועל מחקר יסודי בתחום שבו עוסק הספר. ב-1977 הוסבה תשומת לבו של בנצ'לי, לסטטיסטיקות מדהימות של משמר החופים האמריקני במשך שלוש שנים (מ-1974 עד 1977), נעלמו יותר משש מאות כלי-שיט ובהם יותר מאלפיים בני אדם. לתופעה לא היה כל הסבר. בנצ'לי החל לחקור בעצמו את התעלומה. התוצאה היא האי הנעלם – ספר מדהים, מותח, תערובת מקורית של עובדות ודמיון.