החורף עדיין בעיצומו. גיא, נועם ורועי חזרו לא מזמן מברלין, ואחרי האירועים המפחידים והמסוכנים שחוו שם הם שמחים לחזור לחייהם הרגילים בתל אביב - לימודים, מבחנים, מסיבות.
שיחת טלפון אחת מחנן שומרוני, איש המוסד, משנה הכול.
בקהיר, בירת מצרים, קם ארגון חדש שמאיים על שלום העולם.המוסד זקוק לעזרתם של הילדים, והפעם מגייס אותם לפעילות באופן רשמי.
הילדים מתלהבים ממעמדם המקצועי ומהמבצע החשאי הצפוי להם בלב הבירה הגדולה ביותר במזרח התיכון, אבל המומים לגלות את החדשות הרעות:
חנן החליט לצרף אליהם את אופיר, הילד השנוא עליהם עוד מימי המבצע במנהטן. אופיר מצליח לשבש את האיזון בין השלושה, ומאיים לא רק על החברות ביניהם אלא גם על המבצע כולו.
מבצע קהיר הוא הספר השלישי בסדרה המצליחה שליחות חשאית, ששבתה את לב הקוראים והמבקרים כאחד.