כבר רבע לשתיים, חושב סרן מוטי קימלמן, נציג חיל האוויר הבכיר ביחידת האיסוף המרכזית של חיל המודיעין על פסגת הר כנען... הכול רגוע, הוא אומר לעצמו. פתאום הוא שומע שלוש מילים. והן חוזרות על עצמן כמו פזמון. וקימלמן מרגיש שכל שערותיו סומרות, כשמכל עבר הוא שומע 'יש לי קליקים'. 'יש לי קליקים'. 'יש לי קליקים'... והקליקים מתרגשים עליו מכל הכיוונים, מכל הרמקולים, מכל העמדות. 'כל חיל האוויר הסורי באוויר!!!' הוא צורח לתוך שפופרת הטלפון המוצפן. ראש מדור התרעה במחלקת מודיעין חיל האוויר שומט את השפופרת מידו, מדלג את שלושת המטרים שמפרידים עד חלון ההזזה הקטן, שחוצץ ביניהם ובין תא הרמשל"ט, מטיח אותו בעוצמה במסילה וצועק בקול סדוק, 'תזניקו! תזניקו! מלחמה! מלחמה!"
בשם שמים הוא סיפורו של חיל האוויר הישראלי במלחמת יום הכיפורים מבעד לעיני המפקדים והלוחמים של טייסת אחת. לא סתם אחת, "האחת" – חלוצת טייסות הפנטומים והנודעת מכולן.
בעשרים ימי לחימה בלתי פוסקים נדרשה טייסת 201 לגיוס כללי של תעצומות נפש - היא ביצעה את המשימות הקשות והמסובכות ביותר, החליפה שלושה מפקדים ואיבדה 15 מטוסים ו-40 אחוז מלוחמיה - 23 אנשי צוות אוויר נהרגו, נעדרו או נפלו בשבי. בסיומה של הסערה הגדולה התברר כי חרף מצבה הקשה טייסת 201 היתה לאגדה והוציאה מקרבה מספר חסר תקדים של נושאי תפקידים בכירים - עשרה אלופי משנה, שבעה תת-אלופים, שני אלופים, שני מפקדי חיל ורמטכ"ל אחד.
בשם שמים הוא מסע מרתק, מרגש, כואב ומתסכל בעקבות אנשים ואירועים בלתי נתפסים. סיפורה של מלחמה אחת, ובעיקר של הלוחמים בסרבלי הטיסה שעשו אותה. בכתיבה סוחפת ובסגנונו הריאליסטי הייחודי חודר אבירם ברקאי מבעד לשכבת העננים ולחזות הקשוחה של הטייסים היישר אל חדרי ישיבות הממשלה, ועדת החוץ והביטחון של הכנסת, המטכ"ל והמודיעין על שלוחותיו השונות. באמצעות כ-200 עדויות וראיונות עם אנשי צוות אוויר וצמרת מערכת הביטחון, פרוטוקולים ומסמכים שונים, מנסה ברקאי לפצח מה בדיוק קרה שם, בקו פרשת המים של החברה הישראלית, במלחמה שאחריה שום דבר כבר לא היה אותו הדבר.