נשמת המשנה פותח צוהר לעולמה המיוחד של יצירה יהודית קדומה. לבקיאים בה הוא מאפשר מפגש מיוחד במינו המוביל לגילוי פנים חדשות; ולמי שנחשף אליה לראשונה זוהי הזדמנות נפלאה למפגש ידידותי ראשון עם המוסר, תורת החיים ואהבת האדם שבה.*"המשנה כספר בסיס להלכה נלמדת בבתי ישראל מאות בשנים. ב´נשמת המשנה´ אנו שומעים לא רק את שפת החוק, אלא את נפש היוצר ואת זרימת המחשבה המאגדת את מחשבת ההלכה. שפת החוק — מדודה וקצובה. שפת היצירה של ´נשמת המשנה´ – כולה זרימה ותנועת מחול וקשב אל החיבור שבין אדם לאלוהיו."הרב ד"ר בני לאו, ראש מיזם 929 — תנ"ך ביחד "לנו, בוגרי החינוך הממלכתי בישראל, שגדלנו על המקרא, הספר הזה מאפשר חלון הצצה לאוצר שהוא בה בעת לא מוּכּר, ושלנו. יעקב נגן עושה זאת בבקיאות רבה, ברגישות ספרותית ובקשב צנוע." ד"ר רות קלדרון, חוקרת תלמוד ואגדה, מייסדת מכללת "עלמא""אני אוהב ללמוד משנה, אני מגלה בה עולם שלם. אך מאז שלמדתי אותה עם ´נשמת המשנה´ של הרב יעקב, התאהבתי בלימוד שבעתיים. יתר על כן, בזכות הספר ´נשמת המשנה´ למדתי גם לאהוב את ה´ מכוחה של המשנה, ועל כך אכיר כל ימַי טובה למחבר, הרב יעקב נגן."הרב יעקב מדן, ראש ישיבת ההסדר הר עציון שבאלון שבות ומבכירימלמדי התנ"ך בישראל"קריאה במשנה עלולה להיות מתסכלת כקריאה בשיר זן, שכן היא רומזת על עושר אינסופי אבל רזה כל כך וחסכנית.  הרב נגן מפענח במשנה רובדי משמעות וחושף אוצרות מוכמנים, מטמונים של חירות וחוק, קושי ושמחה, אמונה וממשות."רחלי פרנקל, מלמדת תלמוד והלכה במדרשות "מת״ן", ו"נשמת".יעקב נגן, ר"ם וראש כולל בישיבת עתניאל, בעל תואר ד"ר למחשבת ישראל מהאוניברסיטה העברית, מחבר ספרי הגות ופעיל במיזמי שלום בין היהדות לאסלאם ובשיח בין היהדות לדתות המזרח."מרסל פרוסט לימד אותנו כי אתגר החיים אינו לגלות ארצות חדשות, אלא לראות את הישנות בעיניים חדשות. הספר שלפניכם שואף לממש את האִמרה הזאת בלימוד המשנה שגיבש רבי יהודה הנשיא בארץ ישראל לפני כאלף ושמונה מאות שנה.״יעקב נגן מבקש לעשות מהפכה בלימוד המשנה ומחפש אחר נשמתה החבויה — "עמוד הברזל" של התורה שבעל פה. הוא לומד את המשנה כפי שלומדים טקסט רעיוני או הלכתי, אבל אינו מסתפק בזה, הוא לומד אותה גם כפי שלומדים טקסט ספרותי. מחפש בה משחקי לשון, הקבלות, מוטיבים חוזרים, מנתח את המבנים השונים של פרקיה ומזהה את הזיקה האסתטית והתוכנית בהם. הוא רואה בלימוד המשנה לא רק שלב בדרך ללימוד התלמוד — המשנה עבורו עומדת בפני עצמה. רק כך, כאשר רואים בה יצירה נפרדת שלמה, אפשר לגעת בנשמתה. רק כך אפשר לרדת לשורשי כוונותיה ועולמה.