מזרח חדש הוא מחקר היסטורי מעמיק על תולדות המזרחנות הציונית והישראלית. שורשיו של תחום הידע הזה – חקר הערבית, האסלאם וההיסטוריה של המזרח התיכון – באוניברסיטאות הגרמניות של המאה התשע-עשרה וראשית המאה העשרים: רוב מייסדיו בארץ היו יהודים-גרמנים שצמחו במסורת המזרחנית של מרכז אירופה, והם שהביאו את תחום הידע לאוניברסיטה העברית בירושלים, וממנה למערכת האקדמית כולה. באמצעות ניתוח של תיעוד ארכיוני עשיר בגרמנית, בערבית, באנגלית ובעברית משרטט הספר את התהליך המורכב של הגירת הידע המזרחני מגרמניה לארץ תוך התמקדות בשאלה מה קרה למחקר, ולחוקרים עצמם, כאשר המפגש עם המזרח הפך מטקסטואלי-פילולוגי למפגש פיזי ממשי, רווי סתירות ומתחים, שברקע שלו הסכסוך היהודי-הערבי המתעצם. בין השאר הוא מתעד את המשימות שקיבלו עליהם המזרחנים מחוץ לחדר העבודה ולספרייה, כמו הניסיון לקרב בין יהודים לערבים ושיתוף הפעולה עם הממסד הביטחוני.
הספר מתאר את מסלול התפתחותו הייחודי של תחום המזרחנות מאמצע שנות העשרים ועד אמצע שנות השישים של המאה העשרים, ושופך אור חדש על התפתחות המחקר האקדמי בכללותו בפלשתינה המנדטורית ובראשית ימיה של מדינת ישראל. בכך משמש הספר מקרה מבחן לניתוח הזיקה המורכבת בין עבודה מדעית "טהורה" לבין סוגיות פוליטיות, חברתיות ותרבותיות, ומציע נקודת מבט חדשה בשורשיו של הסכסוך היהודי-הערבי ובתפקיד שמילא הידע המדעי בעיצובו.