כשפרצו בעלות הברית לברלין, בימיו האחרונים של הרייך השלישי, פשט אדולף אייכמן, האחראי המבצעי על הפתרון הסופי, את מדי האס-אס שלו ונעלם. כדי להביאו לדין נדרש מרדף מתיש שארך 15 שנה, שהשתרע מאירופה מוכת הקרבות ועד לחופי ארגנטינה. המצוד אחר אייכמן מתחקה אחר נתיב הבריחה של הפושע הנאצי: היחלצותו משני מחנות שבויים אמריקניים, המסתור שמצא בהרים, התחמקותו/בריחתו מגבולות אירופה לאורך "קווי/מסלולי/נתיבי העכברושים", וחייו כאלמוני בבואנוס איירס. במקביל, חיפושו העיקש של שמעון ויזנטל, ניצול מחנות ההשמדה, אחר הצורר, הופך בהדרגה למצוד שבו מעורבים תובע מערב-גרמני קשוח, יהודי ארגנטינאי עיוור ובתו היפה, וסוכנות ביון צעירה, "המוסד", שסוכניה מונעים בין השאר מתוך רגש נקמה אישי. לכידתו של אייכמן, ומאמציהם של הסוכנים הישראלים להבריחו אל מחוץ לארגנטינה כדי להעמידו לאחד המשפטים החשובים ביותר של המאה ה-20 כל אלה מובאים בקצב מסחרר, שעה אחר שעה, עד לסיומו עוצר הנשימה של הסיפור.
המצוד אחר אייכמן משלב בין מחקר היסטורי מדוקדק המבוסס על מסמכים שנחשפו לאחרונה לבין סיפור בלשי מרתק ועלילת ריגול מותחת.