נאחז בסבך דן בפרשיות עלומות ובדמויות חריגות בתולדות החסידות, שעוררו חוסר נחת ומבוכה הן בקרב בני זמנם הן בזיכרון ההיסטורי של החסידים. האוּמנם המיר משה, בנו של רבי שניאור זלמן מליאדי מייסד תנועת חב"ד, את דתו והתנצר? ומה עלה בסופו – האם נפטר כמשומד או שמא חזר בתשובה? מדוע נפל -החוזה מלובלין- מחלון ביתו ביום שמחת תורה – האם נאבק עם מלאכים וכשל במאמציו המשיחיים, ואולי נפל שכרותו, או שמא ביקש לשלוח יד בנפשו? מדוע היו חסידי ברסלב שנואים כל כך, ועל מה ולמה נרדפו באלימות דורסנית בידי חסידים אחרים? נאחז בסבך הוא גם סיפורם הטרגי של בנים מיוחסים שנולדו בחצרות הצדיקים ולא מצאו בהן מנוח: משה, בנו של "בעל-התניא", שיצא מדעתו ואחר כך מדתו; ר- מנחם נחום פרידמן מאיצקן, צדיק ופילוסוף שהקדיש את חייו לתיווך חסר סיכוי בין עולם החסידות לבין הישגי התרבות האירופית; ר' יצחק נחום טברסקי משפיקוב, שלפני נישואיו, לכלה שמעולם לא ראה, חיבר וידוי מסעיר ובו תיאר את נשמתו הקרועה ואת שנאתו לחסידות. נאחז בסבך מציע שחזור מדוקדק של אירועים שהשתיקה נחשבה יפה להם, ומבליט יסודות אפלים ודרמטיים שהוצנעו היטב בשולי גלימתה של החסידות. סיפור חייהם של גיבורי הספר מטיל על תנועה גדולה זו את אורו החיוור של גורל היחיד וממחיש את המחיר שנאלצו לשלם אלה שנתפסו בסבך המשפחה, הקהילה או המסורת. הקוראים נלווים אל ההיסטוריון במסעו הבלשי בעקבות גיבוריו, ובניסיונותיו לצרף שברי מקורות שהתפזרו לאלפי רסיסים ולאחותם לכלל סיפור אנושי מרתק.