תחנה סופית אלג'יר הוא רומן ריגול מרתק, ובד בבד גם דרמה אישית ומשפחתית מרגשת וסיפור על אהבה גדולה, המתרחש על רקע מבצעים נועזים של המוסד ברחבי העולם.
פיגוע קשה ביום פתיחתה של תערוכת היחיד שלו הופך את עולמו של הצייר מיקי שמחוני. בעודו נתון בהלם האובדן הוא מתבקש להצטרף אל שורות המוסד: דרכונו של צעיר קנדי, הדומה לו במראהו, הגיע לידי הארגון, ושמחוני מתבקש לאמץ את זהותו. בדמותו החדשה הוא מצטרף לחוליה של המוסד הפועלת לסיכול הטרור ולעצירת הפצצה האיראנית, ותפקידו מזמן לו אתגרים שלא היה יכול לדמיין בחייו הקודמים.
התעלומה סביב גורלו של כפילו לא נותנת לשמחוני מנוח. מי היה, והאם יכול היה שמחוני לחיות את חייו? חוברת שירים עלומה שמגיעה לידיו ומתארת את קיצה של המדינה, ואשה יפה ומסתורית שמטלטלת את חייו, מחדדות את שאלת זהותו והבחירות שעשה: האם ימשיך לשרת את ארצו, או שיחיה עם אהובתו ויממש את ייעודו כצייר? מערכת היחסים הדרמטית בין שמחוני, כפילו הנעלם ומי שמתגלה כאהובתם המשותפת מתעצמת והולכת – עד לסוף המפתיע.
מישקה בן-דוד, בכיר לשעבר במוסד, דוקטור לספרות עברית וזוכה פרס ראש הממשלה לספרות, הוא מחברם של רבי-המכר דואט בביירות, אהבה אסורה בפטרבורג וביקור אחרון במוסקבה, ושל ספר הפילוסופיה החיים, האהבה, המוות.