חומש הפקודים הוא חומש מגוון מאוד המשלב בתוכו מצוות לשעתן, בעיקר בענייני פירוק המשכן והרכבתו, חנוכתו, טיהור הלוויים ופדיית הבכורות מחד גיסא, ומצוות כיבוש הארץ ולחוקת הנחלות מאידך גיסא. הוא משלב בתוכו גם מצוות רבות לדורות עולם וגם את מעשי עזיבת הר סיני בדרך לארץ החמדה המובטחת לעם, הנדודים הרבים במדבר וכיבוש עבר הירדן המזרחי בידי משה וצבאותיו. אך בעיקר הוא כולל בתוכו את המשברים הרבים שעם ישראל עבר מיום שעזבו את הר סיני ועד שבאו אל ערבות מואב ערב הכניסה לארץ. הספר כולל בתוכו לכאורה את כל ארבעים שנות המדבר פרט לשנה הראשונה עד להקמת המשכן, אך למעשה הוא כולל תיאור של השנה השנייה ליציאתם ממצרים ושנת הארבעים. בתווך נותר חלל גדול של סילוק השכינה מן המחנה הנזוף ורמזים בודדים על התלאות שעברו עליו. (מתוך ההקדמה)
בכרך "במדבר" של סדרת כי קרוב אליך ממשיך הרב יעקב מדן את הקו שהתווה בכרכים הקודמים ומחבר בין פשט הכתוב ובין דברי חכמים. בנוסף ישנו כאן ניסיון לפגוש את המקומות שבני ישראל עברו בהם, חלקם נמצא במדינת ישראל של היום וחלקם במדינות השכנות. ההשוואות עם סיפורי תנ"ך אחרים, המאפיינות את דרכו העיונית של הרב מדן, מציידות את קוראיו בפרספקטיבה חדשה ומפתיעה לגבי הסיפורים המוכרים.
הרב יעקב מדן הוא ראש ישיבת ההסדר הר עציון שבאלון שבות וממובילי לימוד התנ"ך בציבור הדתי-לאומי בישראל. הוא ניסח יחד עם פרופ' רות גביזון את אמנת גביזון-מדן, שמטרתה להגיע להבנות רחבות בנושאי דת ומדינה. הרב מדן פרסם כמה ספרים בתנ"ך ומאמרים רבים בנושאים מגוונים והוא העורך הראשי של סדרת "באר מרים" שראתה אור ב"ידיעות ספרים".