להרוג את היהודון הוא רומן המברר בחכמה ובעדינות עד כמה היהדות היא מצב נפשי כלל אנושי שאינו שייך רק ליהודים מלידה. זהו סיפור מסע מסקרן ומפתיע, שנע בנתיבים מקבילים של שני צעירים עם מצלמה: נעמה, במאית בתחילת דרכה, יוצאת מתל אביב לצלם סרט דוקומנטרי בגרמניה בעקבות אמיר, דתי לשעבר שעובד כניצב שדוף בסרטי שואה. באותה העת יוצא תומאס, סטודנט לצילום מהעיר מינכן, כדי לתעד בסתר את אביו, ואולי להצליח לסדוק מעט את דמותו המושלמת מדי לטעמו.
במהלך שני המסעות הייחודיים הללו- האחד בעקבות האיכות היהודית הנעלמה, והשני כנסיון לכפר על טעויות ולהתנקות מאשמה- יגלו תומאס ונעמה סודות עמוקים מחשבו למצוא. הם יעמדו מול תהומות של זהות משובשת, מקורות הרוע ומשיחים עצובים. באמצעות שני הקולות הללו חושף הרומן באופן מלא ברק את מהותה של היהדות כנוירוזה, ואת האפשרויות לתלוש את הטלאי הצהוב הפנימי, לסמן מחדש את גבולות הזהות ולהרוג אותו, להרוג את היהודון.