"היכן את ציונה" נוגע בפצע הפתוח של חטיפת ילדי תימן דרך סיפורם של שני צעירים, יוליה ויוסף, הנפגשים בעת לימודיהם בפקולטה לרפואה באוניברסיטה בווינה.
יוסף הוא בן למשפחה שמקורה בכפר נידח בתימן. הבשורה על פתיחת שערי ציון לעלייה הניעה את המשפחה, יחד עם אלפי יהודים חדורי להט, לעלות לישראל. דרכם מביתם עד לעדן בתימן ומשם למחנה עולים בארץ הייתה רצופה ייסורים. במחנה העולים נעלמה ציונה, אחותו התאומה של יוסף, מבית הילדים. למשפחה נמסר שהיא חלתה והועברה לבית חולים, אך משם לא שבה מעולם.
יוליה היא בתם המאומצת של מרגיט ואריך. השניים, אסירים לשעבר באי גולי אוטוק שביוגוסלביה, נישאו ועברו להתגורר בביתו של אריך בווינה. כשכשלו ניסיונותיה של מרגיט להרות עקב עינויים שעונתה באי, החליט הזוג לאמץ תינוקת שעברה אינו ידוע.
המפגש בין יוסף ויוליה מוליד אהבה גדולה, ורגע לפני מימושה מתגלים סודות עבר המזעזעים את שתי המשפחות.