מחברו של ספר עמק הבכא, יוסף הכהן, הוא רופא יהודי ממוצא ספרדי שחי באיטליה במאה השש-עשרה. החיבור לא נדפס בחייו. נשתמרו ממנו כמה העתקות בכתבי-יד, שאחדים מהם אוטוגרפים. המהדורה הנוכחית רואה אור יחד עם מהדורה ביקורתית מוערת של ספר גדול אחר של יוסף הכהן, ספר דברי הימים למלכי צרפת ומלכי בית אוטומאן, שאכן נדפס בחיי המחבר בסביוניטה (Sabbioneta) שי"ד (1553).
בספר עמק הבכא אסף המחבר רשימות של פרעות שפגעו בעם ישראל למן חורבן הבית השני ואובדן העצמאות המדינית בארץ ישראל. בפתח הספר הוא נימק את כוונתו כך: "להיות כי התלאות אשר עברו עלינו מיום גלות יהודה מעל אדמתו עד היום הזה מפוזרות הֵנַה וַהֵנַה נתתי אל לבי לחברם בחבור קטן יכלול את אשר מצאה ידי בקונטריסי הסופרים אשר כתבו לפני בלשון עברי ובספריהם ואקראה שמו עמק הבכא כי כשמו כן הוא וכל הקורא בו ישום וישאף יחד ועפעפיו יזלו מים וישים ידיו על חלציו לאמר עד מתי ה' – אל אלהי אתחנן יתמו ימי אבלינו וישלח משיח צדקנו ויגאלנו במהרה בימינו למען רחמיו וחסדיו אמן ואמן".
בחרוזים שהקדים יוסף הכהן לחיבור כתב עוד: "לכן יום נשרף מקדשי יקראנו כל איש עברי כי עבור עמק הבכא יאות לו אז יום תמרורי". במילים אלה רצה לומר שהספר מתאים לקריאה בתשעה באב, ואמנם בכמה קהילות איטליה נהגו בעבר לקרוא את "ספר עמק הבכא" יחד עם ספר איוב בתשעה באב.